Como você verificou nesse artigo, o CJ possui um padrão para análise dos CFOPs:

Considera-se apenas os CFOPs de faturamento, subtraindo os CFOPs que indicam operações de devoluções de vendas.

Caso seu cliente possua operações específicas que precisem de ajustes nos CFOPs, é bem simples de modular o seu cálculo no CJ, basta seguir esses passos:

1- Caso você já tenha adicionado os SPEDs ao cálculo, exclua todos os arquivos;

2- Clique em Editar configurações iniciais, e depois em Opções avançadas;

3- No campo CFOPs considerados para a base do ICMS, adicione os CFOPs que deseja considerar;

4- Os valores devem ser incluídos separados por vírgula (com ou sem espaço após a vírgula). Se você deixar este campo em branco, os valores incluídos serão o padrão do programa.